2013년 9월 23일 월요일

java alignment viewer

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jalview.hwp

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분량 : 9 페이지 /hwp 파일
설명 : Jalview 실험 실습 보고서
1. Multiple sequence alignment
2. Zinc finger protein
3. Input: zinc_finger.fasta
4. Alignment: clustalW with default
5. Annotation
6. Sequence feature
① Zinc finger domain 찾기
② Cystein 결합부위가 많은 부분 찾기

7. Tree & group
8. Conservation, quality, consensus 조사
① Conservation
② Quality
③ Consensus

1. Multiple sequence alignment
Multiple sequence alignment(이하 MSA)는 일반적으로 3개 이상의 서열을 정렬하는 것으로 이 서열에는 DNA, RNA, 단백질 등이 속한다. MSA는 공통조상으로부터 전달받고 서로 공유된 서열들을 찾아내어 진화적 관계를 규명하는 방법으로 다시 말해 서열들을 서로 비교하여 기능, 구조, 그리고 계통학적 유전관계를 알아내는 방법이다.
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2. Zinc finger protein
3. Input: zinc_finger.fasta
4. Alignment: clustalW with default
5. Annotation
6. Sequence feature
① Zinc finger domain 찾기
② Cystein 결합부위가 많은 부분 찾기

7. Tree & group
8. Conservation, quality, consensus 조사
① Conservation
② Quality
③ Consensus

출처 : 해피레포트 자료실

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